เป็นการรักษาโดยการใช้กล้องที่มีลักษณะยาว เล็ก ที่สามารถปรับการโค้งงอได้ มีกล้องวิดีโอขนาดเล็กและหลอดไฟอยู่ที่ส่วนปลายซึ่งแพทย์จะสามารถขยับกล้องเพื่อให้เข้าไปในร่างกายได้อย่างปลอดภัย โดยเข้าไปในปากผ่านหลอดอาหารลงไปในกระเพาะอาหาร และลำไส้ส่วนต้น ใช้เพื่อตรวจหาลักษณะความผิดปกติในระบบทางเดินอาหารส่วนต้น และวินิจฉัยกลุ่มอาการในระบบทางเดินอาหารส่วนต้น เช่น การกลืนติด กลืนลำบาก ปวดท้องเรื้อรัง โรคกระเพาะอาหารอักเสบ กรดไหลย้อน แผลในกระเพาะอาหารหรือลำไส้ตอนต้น ในบางรายใช้หาสาเหตุเลือดออกในทางเดินอาหาร และภาวะซีดจากการขาดธาตุเหล็ก ทั้งนี้นอกจากการวินิจฉัยจากภาพที่เห็นจากการส่องกล้องแล้ว แพทย์ยังสามารถเก็บตัวอย่างเนื้อเยื่อมาตรวจวินิจฉัยเพิ่มเติมได้ การตรวจด้วยการส่องกล้องจะให้ความแม่นยำมากกว่าการเอกซเรย์ 

การเตรียมตัวก่อนการส่องกล้องตรวจทางเดินอาหารส่วนบน

• แจ้งข้อมูลให้แพทย์ทราบเกี่ยวกับโรคประจำตัว ประวัติการแพ้ยา/สารเคมี ยาที่รับประทานเป็นประจำ และประวัติการผ่าตัด
• งดน้ำและอาหารทุกชนิดอย่างน้อย 6-8 ชั่วโมงก่อนตรวจ เพื่อป้องกันการอุดกั้นทางเดินหายใจที่อาจเกิดขึ้นจากการอาเจียนและสำลักเศษอาหารเข้าไปขณะทำหัตถการ นอกจากนั้นการที่อาหารค้างอยู่ในกระเพาะอาหารจะส่งผลให้ประสิทธิภาพของการส่องกล้องลดลง
• ในกรณีที่ผู้เข้ารับการส่องกล้องใส่ฟันปลอมหรือคอนเทคเลนส์ให้ถอดออกก่อนเข้าห้องตรวจ

การปฏิบัติตัวของผู้ป่วยหลังส่องกล้อง

• ผู้ป่วยนอนพักบนเตียง เพื่อสังเกตอาการ ประมาณ 30-60 นาทีหรือ จนกว่าจะตื่นดี
• สังเกตอาการผิดปกติที่อาจเกิดขึ้น เช่น ปวดท้องรุนแรง, อาเจียนหรือถ่ายเป็นเลือด,หายใจหอบเหนื่อยให้รีบแจ้งแพทย์ทันที
• ยาชาเฉพาะที่ (ลำคอ) จะหมดฤทธิ์ภายใน 1 ชั่วโมง ในระหว่างนี้ให้งดน้ำและอาหารไว้ก่อนจนกว่าอาการชาจะหายไป จึงทดลองจิบน้ำ ถ้าไม่มีอาการสำลักจึงดื่มน้ำได้และเริ่มรับประทานอาหารอย่างระมัดระวัง 
• ผู้ป่วยควรมาพบแพทย์ตามนัด และในกรณีที่มีอาการแทรกซ้อนหรือแพ้ยา ให้มาพบแพทย์ก่อนนัด
• ควรมีผู้ดูแลระหว่างเดินทางกลับ ห้ามขับรถหรือทำงานเกี่ยวกับเครื่องจักรกลภายใน 24 ชั่วโมงหลังการส่องกล้อง โดยเฉพาะผู้ที่ได้รับยาระงับปวด ระหว่างส่องกล้อง

ความเสี่ยงและผลข้างเคียงของการส่องกล้องตรวจทางเดินอาหารส่วนบน

ความเสี่ยงทั่วไป

-ชาที่คอ เกิดจากยาชาเฉพาะที่ อาการดังกล่าวจะหายเองหลังยาชาหมดฤทธิ์

-เจ็บคอ เกิดจากการเสียดสีของกล้องโดยส่วนใหญ่จะหายเองภายใน 24 ชั่วโมงหลังการส่องกล้อง หรือน้อยกว่านั้น

-ท้องอืด เกิดจากแพทย์ต้องเป่าลมผ่านกล้องเข้าสู่กระเพาะอาหารขณะทำการส่องกล้องเพื่อให้เห็นรายละเอียดระหว่างการส่องกล้องได้อย่างชัดเจน โดยอาการจะดีขึ้นเมื่อร่างกายขับลมออกมา

ความเสี่ยงเฉพาะด้าน

-สำลักอาหารเข้าปอด เนื่องจากงดน้ำและอาหารไม่เพียงพอ โอกาสเกิดน้อยกว่า 1 :10,000

-กระเพาะหรือหลอดอาหารทะลุเป็นความเสี่ยงที่เกิดขึ้นได้น้อยมาก (ร้อยละ 0.1) เมื่อเกิดภาวะเสี่ยงนี้ผู้ป่วยอาจต้องได้รับการผ่าตัดซ่อมแซม

-มีภาวะเลือดออกในกระเพาะอาหาร เนื่องจากตัดชิ้นเนื้อ โดยปกติแผลจากการตัดชิ้นเนื้อจะมีขนาดเล็กและเลือดหยุดได้เอง แต่ถ้าผู้ป่วยรับประทานยาในกลุ่มต้านเกร็ดเลือดหรือยาละลายลิ่มเลือด อาจเพิ่มโอกาสในการเกิดภาวะเลือดออกภายในกระเพาะได้ ดังนั้นผู้ป่วยจำเป็นต้องแจ้งแพทย์ก่อนการส่องกล้อง เพื่อพิจารณาหยุดยาดังกล่าวก่อนการส่องกล้องตามความดุลยพินิจของแพทย์